建文四年（公元1402年）6月13日，李景隆打开金川门，做了无耻的叛徒，放燕军入城。朱棣率军进了南京城后，他并不马上指挥部队攻击内城，因为他的目的是等待建文帝自己自杀或者投降，他似乎认为建文帝除了这两条路外，没有别的选择。建文帝朱允炆得知南京金川门失守，长来报的军士口中知道朱棣并没有马上指挥燕军攻内城，而是在等待什么。朱允炆知道四叔朱棣为什么没有马上攻城，也知道他在等待什么，因而长吁短叹。感叹自己的命运为何这样不济，感叹四叔为何对他这样残酷，后悔自己当初为何那样优柔寡断，天作孽尤可活，自作孽不可活呀，这一切都是自己造成的，也怪不得别人。其实这一切应该怪他那皇帝爷爷，因为这一切是朱元璋造成，但是他没有怪他爷爷，也没有想过怪他爷爷，因为他现在知道这就是要做一个帝王应该付的代价。他本是一个性格高傲的人，是不愿意向叔叔谈和乞求生路，更不愿意作叔叔的俘虏，因为那样的话自己无颜见爷爷和父亲，更无颜见拥戴他的国民。现在已经到了垂死的边缘，在没有其他出路的情况下，他想到自杀以谢国人。做皇帝注定与鲜血分不开，他要排除异己；他要树立皇威，如果不能做到这些，皇帝也终将被历史淘汰，建文帝就是这样一个悲剧人物，他的四年帝王之旅也即将告结束，作为皇帝他太过仁慈，有时甚至优柔寡断，如果让他作臣子，相信他可以爱民如子，两袖清风，但做皇帝他实在不及格。
　　朱允炆很得文官们的喜欢，即使在这样的垂死关头，仍然有一伙忠心耿耿、不怕死的文官守在自己身边。翰林院编修程济见朱允炆面向北方久久地不着声，忙在旁边小声说，不如出走流亡吧。朱允炆自感是出身皇家高贵的血统，血管流着的是一生不屈的高皇帝的血液，他怎么会去选择那样软弱求存的方式呢，因而他听后仍默来作声。几个大臣是经过商量的，共同要保护朱允炆逃离南京，他们推举翰林院编修程济提话题，其他几人帮腔，现看到朱允炆对提议没有反应，知道朱允炆并不愿意去过流亡生活，情况急了，少监王钺只好跪在地上提醒道，皇上，高皇帝升天之前，在奉先殿留下一个宝匣，并且交代说，如有大难，可以打开。朱允炆一听说爷爷死时留有遗言，犹如卷在洪水之中的人抓住了一根稻草那样，救生的本能立即产生了反应，他立即让王钺带路去奉先殿。众人一起赶到奉先殿左侧，打开这个红色宝匣，但见里面有度牒三张，分别写着“应文”、“应能”、“应贤”，里面还有袈裟、僧帽、僧鞋、剃刀，以及银元宝十锭。第一张“应文”度牒写着：“应文从鬼门出，其余人等从水关御沟而行，薄暮时分在神乐观的西房会合。”
　　朱允炆虽然知道爷爷是当过和尚的，但自己并不想当和尚，因为他并不喜欢和尚那样的生活，也不喜欢和尚那样的形象，年轻皇帝朱允炆毕竟也是一个爱美的少年郎，正是享受大年青春年华的时候，怎么会去想做和尚，除非是心态有病，更倾听况他也不是傻子，那样好被人糊弄，高皇帝爷爷是何等精明的人，怎么会是那种无奈的想到让孙儿去做和尚的地步呢？既然能早预料到孙儿需要做和尚的那一步，自然也会早预料到自己的儿子会对孙子下手，那自然就会采取将这危险消灭在萌芽状态的措施。先前他是在不知情之下，还真以为爷爷有什么高明的锦囊妙计，所以跟着他们奉先殿，一看之后气不打一处，当场大怒训叱几个臣子糊弄他。少监王钺见朱允炆大怒，立即明白所以，忙跪在地上请朱允炆息怒，听臣下作解释，其他几位也跪在地上请他息怒。王钺解释道，这的确是高皇帝留下的东西，现在事已急矣，暂且作权宜之计，等到脱离险境后，再号召全国勤王之师诛讨反贼，毕竟皇上是合法的皇帝，而燕贼不过是占据了京城而已，全国大部分地方还是效忠于皇上的，到时候胜负还真是未知之数。经少监王钺这一解释，其他大臣也附合说这是正理，也只能如此。
　　听后解释的朱允炆怒气渐渐熄下来，激烈的心情也平静下来，他细细的想来自己或许是错怪了这几位臣子，奉先殿本就是用于纪念先祖的地方，爷爷将他的当初用过的僧衣僧袍、袈裟、僧帽、僧鞋、剃刀和度牒等及其他器具放置在这里表示自己不忘本，也让后代儿孙不忘本，至于银两和度牒写着的“应文从鬼门出，其余人等从水关御沟而行，薄暮时分在神乐观的西房会合”话皆属鬼话，因为爷爷驾崩后去了阴间，在那里他也不知道他的前途在哪里，人在活在时多备一些在阴间后所要急需要用的，即使为了方便贿赂一下小鬼也是好的；至于爷爷对大臣死前说的那些话或许是爷爷神智蒙胧说的糊涂话，也或是大臣们听错了。想到这里，朱允炆也就不在生眼前的几个臣子的气了，心想现在就这几个臣子还忠心耿耿的跟着自己，虽然成事不足，至少还能给自己心理上的安慰，如果连他们都被逼走了，那世上真的就只有自己这个孤家寡人一个了；其实王钺说得也不错，当个假和尚只是权宜之计，出去号召勤王之师讨贼才是目的。心中有了这一番计较后，朱允炆立即将跪在地上的几个臣子扶起，并向他们承认自己的糊涂，并说王爱卿说的正是道理，寡人乐意遵从，只是近日与皇后商量，要与皇后与太子一同撤离京师。
　　听到朱允炆想与皇后、太子一同撤离，几位大臣便立即反对，说现在叛军已经打入京城，瞬眼便到皇城，叛军是不可能给予皇上充分的时间，更何况皇后与太子跟在一起显眼，不利于快速方便行事，待今后形势稳定下来再想办法营救皇后与太子；退一万步说，燕贼在没有确定皇上生死的情况下，是不会冒然置皇后、太子于死地。听了大臣们这一分析，朱允炆认为很有道理，虽然心中不舍，但为长远不得不狠心这样。于是程济立即为朱允炆剃去头发，换上袈裟、僧帽、僧鞋。吴王教授杨应能表示愿意剃度，随帝流亡；监察御史叶希贤毅然说，臣名贤，无疑就是“应贤”，也剃度改装随从。当时在殿上的五六十人痛哭流涕，都表示要随从流亡。建文帝说，这么多人一起行动，势必引起怀疑，决定由九人陪他由秘道潜往内城外的神乐观，在神乐观乘船至太平门出南京。在出发时，朱允炆不忘记地收拾起皇帝的朱印，其他大臣在宫内放火，少倾大火、烟雾四起，宫内一片混乱，朱允炆等人趁混乱之机从秘道离开皇宫。不久后，杨应能、叶希贤等十三人赶来神乐观汇合，一行二十二人开始了流亡生涯。建文帝吩咐大家，今后互相以师弟称呼，不必拘泥君臣之礼。兵部侍郎廖平建议，随从不必多，更不可多，挑选没有家室之累又有膂力五人足够，其余遥为应援。当场决定杨应能、叶希贤称为比丘，程济称为道人，这三人左右不离建文帝；其余六人往来道路，运送衣食。此处暂放过朱允炆等人逃亡之事不提。
　　让杰与张敏趁乱进了南京城，击毙两名燕兵，将其衣服剥下穿在身上后混到了内城外，让杰叫张敏先呆在旁边一家民居中，自己先进宫看情况。内城外燕军内城团团围住，虽然在燕王的命令之下没有攻城，但围城的与内城守卫的仍有交锋，让杰趁两军交锋混乱之中混进宫中，让杰并不担心交锋双方认出他来的，因为交战双方的军服都是一样，只是燕军在颈子上扎了一根红巾作为区分的标志，让杰趁着混战取下红巾，自然就混进了内城。他在内城宫中没有找到到朱允炆，这时宫中到处起火，原来是朱允炆几人匆忙离开时点燃起大火，他要给朱棣造成一种自己自焚的假相，同时也不想将一个上好的皇宫送给朱棣。宫中人员纷纷逃窜，让杰捉住一名太监逼问朱允炆下落，这名太监也不知下落，让杰只好问明东宫的去向。到了东宫后他见到马皇后和七岁太子朱文奎正抱头痛哭，床上还躺着二岁的朱文圭，旁边已经没有服待的宫女太监。让杰告诉马皇后自己是师父席应真派来的，皇后曾经听起建文提起过席应真的名头，知他是周仙人的徒弟，便明白让杰是真心的来救自己的，很高兴，但她忧郁告诉让杰说母子三人难以出城，让杰说宫外有一个接应自己的人，说先将太子接出去后再进来接皇后与朱文圭，马皇后将一枚玉垂挂在朱文奎的颈子上，她悄悄地告诉让杰皇上可能已从地道中逃走，因为她是从建文口中知道有地道这么回事，但并不知道地道口在何处。她告诉让杰说能逃出一个算一个，能保证太子逃出就行，如果能找到建文最好，如果不能将太子交到建文手里的话，就让太子好好做一名平民，千万不要与皇家再挂上勾，在这场皇权的争斗中失败后能平安的做一名平民也是幸福的，她并告诉让杰建文与太子长相相象。让杰叫皇后再耐心的等一会，说自己先将太子送出后马上回来接她母子两。让杰将太子裹在身上迅速地混出内城，将太子交给张敏，叫张敏立即带上太子出城在预先约好见面的地方等待，自己再返回宫中救马皇后与朱文圭。
　　当扎营于龙江驿的朱棣发现宫城起火时，他十分慌乱，立刻命令士兵攻进内城，救火倒是其次，最重要的是要找一样东西－－－建文帝，活的死的都行，活要见人！死要见尸！因为他十分清楚这件事的利害关系，即使建文帝死了，大不了背一个逼死主君罪名，自己的骂名够多了，不差这一个。活着的话关起来就是了，也不怕他飞上天去；但最可怕的事情就是失踪，皇帝不见了那可就麻烦了。他命跟随左右的马和立即独身前往皇城搜寻皇上与太子，因为他身边只有马和有一身高来高去的本领，马和的高来高去神出鬼没的本领他在郑村坝战役击败李景隆五十万大军时就领教了，身边其他的人均没有这样的本领，更何况马和也是他最信任的人之一，让他去搜寻皇上与太子他很放心。
　　马和知道朱棣让自己单独搜寻皇上和太子，其实是让自己先一步去找到他们并击杀他们，然后找一个他们死亡合理的借口，这样朱棣就会对自己合法性有所交待，免得到时面对诸多尴尬的场面。虽然立场不一样，各为其主，但马和就其本心并不愿意自己去杀死皇上和太子而背上一个大逆不道的骂名，燕王现在是他的老板，因而他又不得不服从燕王的号令。马和出发之时，也正是让杰进入皇城之时，也正是马和这样的矛盾的心理使得马和离开燕王后，并退快地进了内城，正是因为这样才使得让杰有充分的时间救出了太子朱文奎。
　　让杰第二趟进皇城已经给马和瞄上了，马和见一个鬼鬼祟祟的军士混在进攻的队伍中，但那高来高去的身法绝对不是军营中将士所具有的，因而他对让杰产生了怀疑。这时期的让杰已经从几年前的柔弱少年变与一个壮实的青年，面孔的轮廓也改变不少，加之又是化了装的，使得马和没有认出他来。马和这时也不知道让杰是友是敌，便扑去盘问。让杰这时立即感到有一高手扑向了自己，那动作极快，瞬眼就到了自己背后，他也不知来的是敌是友，虽然马和长相没有多少变化，他能一眼就能认出，但这时他是背对对方，且对方的功力表现使他胆寒，自己实在不是对方的对手。正是在这样的心理下，让杰不得不进行主动性的防卫还击，他任凭感觉凝聚全力回手便是一掌。马和见对方已经主动向他进攻，并且他也识得对方这一掌的厉害，当然凭感觉对方这一掌自己还是能够应付，因而他也顺势迎上一掌。两掌还未相交，两股不同方向的气场相对撞在一起，其反作用力也让双方身子后移，让杰后移的距离多于马和，因而两人的功力立判高下。在后移身子中，让杰在空中转身的一瞬间便看清了来人是马和，来之前他是千叮咛万嘱咐的希望这次千万不要遇上马和，可是事与愿违，还是神使鬼差的遇上了，而且是在一个自己非常不愿意的时机。让杰知道自己这时不是马和的对手，更是知道马和这时是为燕王办事，从立场上讲双方算是敌对方，因而自己的目的也是不能让对方知道，于是他便使用轻功迅速离开以达到引开马和的目的。马和见对方逃离，便立即追赶上去，不让对方逃走，自己一定要知道对方的来路。当他见让杰的轻功高明，很象当年让杰轻功一路，但从刚才对方的相貌上看又不象让杰，因而他产生了疑惑，不过瞬间他又明白过来，连说自己真是笨。
　　二人你追我赶的在皇城里飞窜，当追到一处无人的地方，马和立即叫道，让杰小兄弟，停一停，为兄有话说。让杰听到马和已经叫破了自己，只好停下来面对马和。马和对让杰说道，小兄弟，几年不见你已经几乎让我认不出来了，是你的轻功使我认出你来；想当年袁先生说你与朱家人有缘的事，或许就是说的这件事吧，这是命中所定，外人是无能为力的，为兄知道阻拦也是没有用的，就只有顺其自然了。这是马和说的真心话，因为他实在不想亲手杀死皇上和太子，当然如果有人在他之前救出的话，那他也好在燕王面前有所交待。他知道让杰是来救皇上与太子的，因而他要让让杰明白自己的想法，不至于使让杰产生了误会而贻误大事。让杰听马和这么一说，知道瞒马和已是无用，便告诉马和说皇上已经不知去向，可能已经逃出，太子已经被自己救出，现在是要去救皇后与朱文圭。马和说事不迟疑，你去救皇后吧，我去想办法为你掩饰，记住见事不可为时不要为，一定要保住自己性命，今后大家还要相见的。让杰见马和并不阻拦自己，并且还要想办法替自己掩饰，于是辞过马和后立即飞奔太子宫。
　　让杰还没有赶到时，皇宫已经被燕军攻破，马皇后已在攻入的燕军军士面前自杀，二岁的朱文圭已经被燕军俘虏，让杰赶到后见事不可为了，便只好转身离开。在离开的途中遇到了赶来的马和，马和的手中还提着一个七八岁男童的尸体。原来马和知道让杰已经救出太子后，便想到了要为太子做一个死亡的假相，因而匆忙赶到民居，掠走了一个与太子年龄相仿的男童以击杀，将其带回太子宫。让杰知道马和的意图，此时不是感谢的时候，他匆匆告辞后潜到与张敏汇合的地方，两人一起潜出南京城，先将朱文奎送到安全的地方安置后再去寻找建文帝。让杰与张敏打算先将七岁的朱文圭带出老家让父母照看，让其暂姓让，等到找到建文帝后再作决定。
　　马和知道让杰没有成功的救出皇后与朱文圭，在让杰离开后，他一路击杀附近能看到他的人，然后利用高来高去的手段进入了太子宫。太子宫这时除了有几个军士看守外，其他的人已经抱上朱文圭去领赏去了。马和将那几个军士击杀后，将男童的尸体放在宫中一个不显眼的地方，在尸体身上现身边放上一些毁烂的家俱，然后在点上一把火，造成火烧东宫太子被毁的假相。
　　当燕王朱棣随军队进入皇宫时，宫中已是一片火海，建文帝也没了踪影，与此同时，建文帝所使用的宝玺也毫无踪影。太监在火后余烬中多次查找，只找到马皇后与太子朱文奎的遗骸，建文帝是活是亡无从得知。为安定人心，也为使拥护建文帝的臣民死心，燕王强令封锁建文出逃的消息，并令人在南京城内各处张贴建文帝自焚的告示，安抚民心。建文虽然自焚国，但大明不能一日无主，在群臣的“劝说”下，朱棣在南京即位，年号永乐。朱棣迅速即位后，向全国各州县传去了自己亲手为建文帝自焚而死的祭文：“上（即明成祖朱棣）望见宫中烟起，急遣中使往救，至已不及。中使出其尸于火中，还白上，上哭曰：‘果然，若是痴耶!吾来为扶翼不为善，不意不谅而遽至此乎!’……壬申，备礼葬建文君，遣官致祭，辍朝三日”（详见《太宗实录》卷九）。后来在给朝鲜国王的诏书中说：没想到建文帝在奸臣的威逼下纵火自杀。
　　为清除建文余党采取了血腥的政策，他首先下令清宫三日，杀死了皇宫中大部分的宫人、女官和太监。接着，大肆虐杀不肯降服的建文帝旧臣。齐泰、黄子澄先后被他活活磔死（即分裂肢体）。兵部尚书铁铉被捕后押到京城，见了朱棣毅然背立，抗辩不屈。朱棣大怒，命人割下他的耳鼻，煮熟后塞入他口中，问他滋味如何？铁铉厉声说忠臣孝子的肉有什么不好吃。朱棣又命人当场将他一刀一刀地割死。文学博士方孝孺穿上一身孝服，哭入宫中，被朱棣命人投入大牢。几天后，朱棣命他为自己登极草拟诏书，方孝孺将笔扔在地上哭骂道：“要杀就杀，诏书我是绝不会写的。”朱棣说：“即使你不怕死，难道连你的九族也不顾了吗？”方孝孺大声说就是灭我十族，我也不怕。说完拾起笔写了几个大字，朱棣一看，竟是“燕贼篡位”，气得下令将方孝孺磔杀，同时又搜捕方孝孺的宗族亲友和门生共十族873人全部杀死。对于愿意降服的建文帝旧臣如杨士奇、杨荣、杨溥等人，朱棣却又能既往不咎，量才录用。
　　朱棣登位后，感到生死未卜的建文帝对他有一种无形的压力，常常日不能食夜不能寝，他不能公开派人大规模寻找，因为这样无异于告诉所有的人，建文帝还活着，心中别有企图的人必然会蠢蠢欲动，这个皇位注定是坐不稳了；但是又不能不找，万一哪天蹦出来一个建文帝，真假且不论，号召力是肯定有的，即使平定下来，明天后天可能会出来两个三个，还让不让人安心过日子了？因此多次派心腹大臣到处访问，同时派出心腹带兵以各种名义在南京城内及附近一带暗中清查。经过加紧清查，真的没有找到朱允炆的尸体！朱棣急得像热锅上蚂蚁，为解决这个问题，几年后经过苦苦的思索他想出了一个绝佳的计划，这个计划分两个部分：首先，向外界宣布，建文帝已经于宫内自焚，并找到了尸体，那意思就是所有建文帝的忠臣们，你们就死了这条心吧。其次，派人暗中查访建文帝的下落，具体的查访工作由两个人去做，这两个人寻访的路线也不同，分别是本土和海外。这两个人的名字，一个叫胡荧，另一个叫郑和。当然这已是后话，这里暂且不提。
　　登基后眼前最重要的事，朱棣要证明自己是合法的皇帝。虽然江山已经在手，但舆论的力量也是不能无视的，自己的身上反正已经被打上了反贼的烙印，没办法了，但至少要让自己的子孙堂堂正正的做皇帝。为了达到这个目的，他使用了两个方法：其一、他颁布了一道命令，下令凡是建文帝时代执行的各项规章制度与朱元璋的成例有不同的，全部废除，以老祖宗成法为准，这倒不是因为朱元璋的成法好用；只是朱棣要想获得众人的承认，必须再借用一下死去老爹的威名，表明自己才是真正领悟太祖治国精神的人。其二、他命令属下重新修订《太祖实录》，此书已经由建文帝修过一次，但很明显，第一版并不符合朱棣的要求，他需要一个更为显赫的出身，因为类似朱元璋那样白手起家打天下，开口就是"我本淮右布衣"，摆出一幅天不怕、地不怕的那一套已经行不通了。这个世界上本来就没有人愿意做叫花子的，于是，亲生母亲被他扔到了脑后，马皇后成为了他的嫡母说。因为朱棣是皇帝，而且是抢夺侄子皇位的皇帝，所以他必须是马皇后的儿子，因为只有这样，他才是嫡出，才有足够的资本去继承皇位（见《永乐实录》记载：高皇后（马皇后）生五子，长懿文太子标……次上（朱棣），次周王肃。这就是正史的记载，从中可以看出，朱棣是朱元璋和马皇后的第四个儿子）。他绝不能是一个身份低贱妃子的儿子，绝对不能！
　　此外，他还指示手下人在实录中加入了大量小说笔法的描写，如朱元璋生前曾反复训斥朱标和朱允炆，总是一幅恨铁不成钢的样子，而对朱棣却总是赞赏有加，一看到朱棣就满面笑容，十分高兴。甚至在他死前，还反复询问朱棣的下落，并有意把皇位传给朱棣。但是由于奸诈的朱允炆等人的阴谋行为，合法的继承人朱棣并没有接到朱元璋的这一指示。于是，本该属于朱棣的皇位被无耻的剥夺了。这些内容读来不禁让人在极度痛恨朱允炆等奸邪小人之余，对朱棣终于能够夺得本就属于自己的皇位感到欣慰，并感叹正义终究取得了胜利，好人是有好报的。
　　当朱棣最终完成这两项工作时，他着实松了口气，不利于自己的言论终于被删除了，无数年后，这场靖难战争将被冠以正义的名号广为流传。
　　注1：朱文圭（公元1401年－－－1457年），为明惠帝次子，史称“建庶人”。在公元1402年明成祖攻克南京时，朱文圭只有两岁，之后便被明成祖长期幽禁于广安宫。明英宗于公元1457年复辟之后，便以“怜庶人无罪久系”释放朱文圭，而受到大臣们的反对，明英宗表示“有天命者，任自为之”，“释建庶人之系”而此一举动也被视为明英宗的明智行为之一。朱文圭被释放之后居于凤阳，“婚娶出入使自便”，但是由于朱文圭自小便受到囚禁而无法和外界接触，被释放时连牛羊都不认识，不久便死去。南明年间，他被追谥为润怀王。